L' Aikido non è un sistema di lotta corpo a corpo tramandato tal quale sin dall'antichità. La parola aikido è un termine generico coniato nel XX secolo,e rappresenta un insieme di moderne discipline che vantano finalità molto ampie, quali la disciplina spirituale, il culto religioso, l'educazione fisica, l'autodifesa, l'attività ricreativa e lo sport. Esistono oggi più di trenta diverse "sette" di aikido, e ciascuna di esse, a dispetto delle rivendicate differenze tecniche e spirituali, rappresenta un tentativo in relazione con tutte le altre, in quanto interpretazione e parziale trasformazione compiuta da vari individui su quelli che in origine furono gli insegnamenti di un solo uomo. E' assolutamente irrealistico affermare che ci sia un solo aikido e che tutti gli altri sistemi con lo stesso nome siano forme fasulle: ciò significherebbe negare l'esistenza del naturale processo di evoluzione seguito dalle discipline sia classiche sia moderne, e negare, in definitiva, il medesimo processo attraverso il quale fu creato proprio l'aikido. Considerando tale processo evolutivo, è anche importante distinguere le forme attuali di aikido dai primissimi prototipi. E' perciò necessario trascurare le usuali e non provate pretese di connessione dell'aikido con il remoto passato, e accettare il fatto che il suo primo prototipo storico si sviluppò nel periodo Edo.
Takeda Takumi no Kami Soemon (1758-1853), insegnò teologia e dottrina neoconfuciana al daimyo dell'han di Aizu (attuale prefettura di Fukushima); questi insegnamenti erano noti come
aiki-in-yo-do ovvero "la dottrina dell'armonia dello spirito basata sullo yinyang". L'han di Aizu era
una roccaforte della dottrina di Chu Hsi, poichè Hoshina (Matsudaira) Nasayuki (1611-1672), un nipote dt okugawa Ieyasu, il primo shogun Tokugawa, nel periodo in cui fu daimyo di questo han fu un convinto sostenitore di questa scuola di Neoconfucianesimo approvata dal bakufu.
I guerrieri di Aizu venivano perciò educati all'etica di Chu Hsi, e la loro interpretazione del bushido si basava su un rigido codice che incarnava i concetti di Chu Hsi. I guerrieri di Aizu erano formidabili nel combattimento, e tenuti in grande considerazione per il loro eccezionale ardore marziale. Essi si impegnavano in arti marziali derivanti da vari ryu. Goto Tadauemon Tadayoshi (1644-1736) fondò il Daido Ryu, il cui programma di studi marziali comprendeva tojutsu (kenjutsu), kyuba (combattimento a cavallo con arco e freccie), sojuysu (arte della lancia) e kajutsu (arte dell'artiglieria e degli esplosivi). Nel 1671 Goto giunse nell'Han di Aizu, e i suoi insegnamenti divennero materie obbligatorie nella educazione di tutti i guerrieri. Gli esperti schermidori di Aizu studiavano anche lo iai-jutsu (l'arte di estrarre la spada) del Mizuno Shinto Ryu, fondato da Kobayashi Tishinari (morto tra il 1703 e il 1736). Un sistema secondario di combattimento simile al jujutsu era inoltre incluso negli insegnamenti del Mizuno Shinto Ryu.
Il generale decadimento delle virtù marziali nella maggioranza dei samurai del periodo di Edo fu in qualche modo meno meno avvertito tra i guerrieri di Aizu, che continuarono a mentenere un livello ragionevolmente alto di perizia nel combattimento con le armi classiche. Tutti i loro sistemi secondari di lotta corpo a corpo furono compresi nel termine generico oshikiuchi. Questo sistema si basava sui dualismi della filosofia neoconfuciana insegnati nella dottrina dell'aiki-in-yoho. Soltanto ai samurai con un elevato status sociale e finanziario veniva consentito di studiare oshikiuchi.Il coordinamento per la diffusione dell'oshikiuchi fu alla fine delegato a Saigo Tanomo Chikamasa. Hoshina Chikamasa; (1829-1905), che divenne ministro dell' han di Aizu e capo del Castello di Shirakawa. Lo scioglimento degli han, decretato nel 1871, e il divieto di portare spade, del 1876, ebbero come risultato un calo di popolarità dell'arte classica della spada. Ma le condizioni sociali della prima era Meij, spesso tumultuose, resero lo studio delle arti di autodifesa a mani nude popolare e necessario. saigo Tanomo Chikamasa era in quel tempo un sacerdote shintoista presso il santuario di Nikko Toshogu, e fu là che incontrò Takeda Sokaku Minamoto Masayoshi (1858-1943), uno spadaccino di altissima abilità. Sokaku aveva originariamente studiato l'heiho (kenjutsu) dell'Ono-ha Itto Ryu nel 1870, sotto la guida di Shibuya Toma, già medico dell' han di Aizu. Nel 1874 egli approfondì la sua esperienza anche secondo lo stile del Kyoshin Meichi Ryu con Momono-i Shunzo. Ma fu solo quando Sokaku si aggregò al Jikishinkage Ryu, nel 1875, per addestrarsi sotto la guida di Sakakibara Kenkichi, che la sua abilità con la spada divenne più raffinata, la qual cosa gli guadagnò il soprannome di Aizu no Kotengu, "il piccolo tengu (un essere mitologico simile a un folletto a cui si attribuiscono grandi poteri) di Aizu". Sokaku si trovava al santuario di Toshogu per faccende relative alla morte del suo fratello maggiore, avvenuta quando questi si trovava là per studiare. Saigo Tanimo Chikamusa ebbe un' impressione così favorevole di Sokaku da assumerlo come sua personale guardia del corpo; ma i motivi di età addotti da Saigo per impiegare Sokaku erano forse segretamente accompagnati dalla speranza che quest'ultimo avrebbe studiato oshikiuchi. Sia come sia, questo volgere di avvenimenti fece si che Sokaku dedicasse completamente le proprie energie allo studio delle arti marziali. Nel 1877 ottenne attestati di competenza nell' okuden, o insegnamenti segreti, sia dell' heiho dell' Ono-ha Itto Ryu, sia nel sojutsu dell' Hozoin Ryu. Mentre percorreva il Giappone e metteva alla prova la sua abilità contro numerosi uomini di spada di altri ryu, la fama di Sokaku come forte uomo di spada andava accrescendosi. La tempra di Sokaku come combattente fu messa a dura prova all'età di ventitrè anni. Alto appena un metro e cinquanta. Sokaku deve essere stato uno strano spettacolo mentre arrancava per le vie di Tokyo con il suo materiale d' allenamento che pendeva dalla preziosa spada Bizen riposta nel fodero. Il generale declino d'interesse per l'arte della spada, e la marcata tendenza del cittadino medio giapponese dell' era Meiji a idolatrare tutto quello che veniva dall' occidente, spinsero alcuni giovani muratori a gridare al passaggio di Sokaku, "Ehi, di questi tempi non è un po' passata di moda l' arte della spada?"  La brusca risposta di Sokaku, "Tenete chiusa la bocca!", fece infuriare i muratori, che immediatamente attaccarono il piccolo uomo. Quando uno di loro afferrò Sokaku per i risvolti del kimono, egli istintivamente reagì lasciando cadere a terra il materiale d' allenamento che portava, e usò la spada rinfoderata per spingere all' indietro il suo avversario. Nella rissa che seguì la spada si liberò dal fodero e ferì in modo serio il petto del muratore . Alla vista del sangue, gli altri arretrarono, ma la loro paura fu subito vinta dalla rabbia. Le loro grida d'aiuto fecero rapidamente accorrere altri muratori. Più di venti uomini, armati di pugnali, canne usate come spade, arnesi da lavoro, assalirono Sokaku. Egli non aveva altra scelta che quella di usare la spada per salvarsi la vita: tagliò tutto ciò che gli capitava a tiro. Un caposquadra, vedendo l' abilità di Sokaku con la spada, chiamò i rinforzi, e non passò tempo che quasi trecento muratori circondarono il disperato Sokaku.
Gli tagliarono la ritirata, ed egli si trovò nel mezzo di una calca confusa. Lanciarono pietre, mattoni, accette e quant'altro poterono trovare. Sokaku rimase calmo, schivando e correndo da una parte all'altra fino a che, esausto, inciampò e cadde a terra. Gli operai gli furono addosso come un sol uomo. Uno di loro colpì ripetutamente il corpo a terra di Sokaku con un tobi-guchi, un arnese per domare il fuoco dall' impugnatura lunga e munito di becco affilato, e già Sokaku vedeva la morte in faccia. In quell'istante degli agenti di polizia a cavallo irruppero sulla scena, salvando la vita a Sokaku. Dopo che gli operai si furono dispersi, gli agenti ne trovarono dodici uccisi e molti di più feriti; Sokaku giaceva privo di conoscenza immerso nel sangue, ma ancora stringendo la sua preziosa spada. La successiva azione giudiziaria ebbe come esito l' assoluzione di Sokaku da tutte le accuse mossegli dagli operai. Saigo Tanomo Chikamasa mise sull' avviso Sokaku: "Il modo di vivere è cambiato rispetto a quello che fu nel periodo Edo. Il tempo della spada è finito. Quella rissa si è verificata perchè tu eri armato. Metti via la spada e impara il jujutsu". Doveva passare molto tempo prima che Sokaku prestasse attenzione a quell'avvertimento. Nel 1877 Saigo Tanomo Chikamasa assunse la tutela di Shida Shiro (nato nel 1868) e lo portò in Aizu per insegnarli l'oshikiuchi. Dopo tre anni di arduo addestramento, Shida andò a Tokyo per completare la sua educazione. Mentre studiava nel Seijo Gakko, una scuola di addestramento per il personale dell' esercito, nel 1881 Shida s' iscrisse all' Inoue Dojo del Tenjin Shin'yo Ryu. Due anni più tardi attirò l' attenzione di Kano Jigoro, anch' egli allievo del Tenjin Shin'yo Ryu. Kano in quel periodo stava cercando di creare una reputazione per il suo Kodokan Judo. L' abilità di Shida negli incontri corpo a corpo  convinse Kano che sarebbe stata una buona idea offrire a Shida il posto di istruttore assistente nel Kodokan, e Shida accettò. In seguito al matrimonio con la figlia di Saigo, Tanomo Chikamasa,  avvenuto nel 1884, Shida divenne figlio adottivo della famiglia Saigo e perciò cambiò il propio nome in quello di Saigo Shiro. Saigo ha rappresentato una forza di ispirazione nei primissimi tempi del Kodokan,ed è stato immortalato in racconti e film col nome di Sugata Sanshiro. Nel 1886, quando il Kodokan resisteva fieramente alle sfide lanciatategli dai ruy di jujutsu, che cercavano di distruggerlo insieme con Kano divenuto ormai famoso, Saigo Shiro dispiegò la sua grande abilità. Usando la tecnica Yama arashi (tempesta montana), basata sui principi  e sulla tecniche dell' oshikiuchi, Saigo sconfisse in modo decisivo tutti gli sfidanti, e fu così di grande aiuto per la notorietà di Kano e del suo Kodokan.
Kano nominò Saigo Shiro responsabile del Kodokan mentre egli, nel 1888, si trovava in Europa.
Tale responsabilità accrebbe il suo tormento dovuto a un conflitto di fedeltà. Doveva sia al suo originario tutore e maestro, Saigo Tanomo Chikamasa, sia a Kano, che aveva riposto in lui la sua fiducia. Per risolvere il problema, Saigo Shiro lasciò Tokyo per Nagasaki nel 1891, e cominciò a ricostruire la sua esistenza in modo da liberarsi dalle catene dei suoi debiti di lealtà nei confronti di Saigo o di Kano. Abbandonò lo studio dell' oshikiuchi, come pure quello del judo.
A partire dal 1889 era divenuto vicepresidente della Società dei quotidiani Hinoda, di Kyushu, e per i seguenti vent' anni, fino alla sua morte, si dedicò interamente allo studio del Kyujutsu (arte dell' arco), fino a raggiungere il grado di Hanshi (maestro insegnante). La precipitosa partenza di Saigo Shiro obbligò il vecchio Saigo a cercare un altro discepolo degno, al quale affidare tutti gli insegnamenti dell' oshikiuchi. Mentre serviva come sacerdote nel Tempio di Reizan, il vecchio Saigo prescelse Sokaku per questo onore, e nel 1898 iniziò a insegnarli l'arte un tempo esclusiva dei guerrieri Aizu. L'entusiasmo di Sokaku per lo studio delle arti marziali, unitamente alla sua abilità nell' arte della spada classica, lo portarono ad acquisire rapidamente la padronanza dell'oshikiuchi. Nello stesso anno in cui iniziò a studiare sotto la guida di Saigo, Sokaku fu autorizzato ad addestrare uomini selezionati dalla ex classe dei samurai Aizu. Poco prima di morire, il vecchio Saigo incoraggiò Sokaku a diffondere lo spirito e le tecniche dell' ashikiuchi su una base più ampia. In conformità ai desideri del suo maestro, Sokaku modificò gradualmente gli originari insegnamenti dell' oshikiuchi. Accondiscendendo a una richiesta ufficiale, nel 1908 si mise in viaggio verso Hokkaido per istruire delle unità di polizia nel combattimento corpo a corpo. Sokaku considerava l'oshikiuchi nella sua forma modificata come jujutsu. Per dare prestigio ai suoi insegnamenti appose loro il nome di Daito Ryu (da non confondere con il Daito Ryu dell' han di Aizu). Il jujutsu del Daito Ryu, sotto la direzione di Sokaku, rimase un sistema di autodifesa conservatore, ma efficace. Uno dei più promettenti allievi di Sokaku era Ueshiba Morihei (1883-1969).
Ueshiba era il figlio maggiore di un contadino della prefettura di Wakayama. Da giovane, nel 1898, si recò a Tokyo per iscriversi al Tenjin Shin'yo Ryu sotto la direzione di Tozawa Tokusaburo. Si dice che l'interesse di Ueshiba per altre forme di bujutsu classico lo abbia indotto nel 1902 a studiare il jujutsu dello Yagyu Shinkage Wyu con Nakae Masakatsu.
Durante la guerra russo-giapponese, Ueshiba servì come soldato di leva nell' Esercito imperiale, la qual cosa gli offrì l'opportunità di viaggiare e di entrare in contatto con svariate arti di combattimento e di autodifesa. Per tutta la durata del suo servizio nell' esercito, Ueshiba continuò la pratica di jujutsu, e alla fine, nel 1908, il Tenjin Shin'yo Ryu gli conferì il menkyo-kaiden, il più alto attestato di compattezza. Dopo il congedo dall' esercito, Ueshiba partì per Hokkaido con l'intento di dedicarsi all'agricoltura, e fu là che nel 1915 s' iscrisse al Daito Ryu per imparare il jujutsu sotto la guida di Sokaku. Ueshiba era un allievo diligente, e questo nel 1917 gli guadagnò il menkyo, o licenza d' insegnamento, per la maestria dimostrata in trentasei tecniche. Egli proseguì anche il suo studio dello Yagu Shinkage Ryu, ottenendone il menkyo nel 1922 per la padronanza dei suoi insegnamenti relativi al jujutsu; nello stesso anno fu autorizzato da Sokaku a divenire istruttore dei metodi del Daito Ryu, in seguito insegnati come aiki-jujutsu. Ma l'intrapendente Ueshiba non era soddisfatto dei sistemi di bujutsu classico che aveva studiato. Egli cercava di concentrarsi su più alti ideali piuttosto che sugli aspetti classici del combattimento corpo a corpo (jutsu). Tuttavia la sua forma iniziale di aiki-jujutsu poneva in rilievo le misure pratiche di autodifesa. In una speciale dimostrazione di abilità tenuta nel 1925 davanti all'ammiraglio Yamamoto Gombei, nella residenza di quest' ultimo, Ueshiba impressionò favorevolmente quel pubblico di élite. Nel 1932 aprì un dojo nel quartiere Shinjuku di Tokyo, e si dedicò al compito di ampliare la base dell' aiki-jujutsu. Attraverso la partecipazione all'allenamento, egli cercava di stabilire un contatto diretto con la natura, di migliorare se stesso, e di contribuire quindi a una società migliore. La sua influenza sui discepoli era enorme, e i suoi insegnamenti divennero popolari presso un ampio segmento della società giapponese. Ueshiba inoltre, studiava accademicamente il jujutsu dello Shinkage Ryu (da non confondere con lo Yagyu Shinkage Ryu). Nel 1938 emerse con il suo stile distinto di aiki-jujutsu, ideato per essere adatto all' uso nelle circostanze sociali dei suoi tempi. Egli lo chiamò aikido. In seguito a ciò, si verificò una scissione nella linea principale dell'aiki-jujutsu del Daito Ryu. La linea di Sokaku, la setta tradizionalista o conservatrice, restò indietro, in termini di popolarità, rispetto alla setta di Ueshiba, nata da poco e di orientamento progressista. Ognuna delle due sette funzionava in modo differente, e dal momento che l' aikido di Ueshiba, quanto a fini, tecnica e metodi di allenamento, differisce di molto dall' aiki-jujutsu della setta tradizionale di Sokaku, Ueshiba può essere considerato il vero creatore dell' aikido.